奈須きのこの同名小説を原作に、万物の死を見ることのできる能力「直死の魔眼」を持つ少女・両儀式の苦悩と戦いを描いた人気アニメ劇場版「空の境界」7部作の最終章。かつて連続殺人事件が世間を騒がせた際に自らを人殺しと称した両儀式と、そんな彼女の無実を信じ続ける黒桐幹也。1999年、連続殺人事件の再発と時を同じくして、式が幹也の前から忽然と姿を消した。幹也は式の無実を証明するため捜査を開始するが……。